医療法人の歯科が使える補助金｜対象外の制度も明記

最初に：医科の医療法人とは結論が違います

「医療法人 補助金」で調べると、病院やクリニック全般の情報が多く出ます。歯科の医療法人に当てはまらない説明も混ざっています。分かれ目は省力化投資補助金の一般型です。医科の医療法人は対象外のままで、歯科の医療法人だけが第7回（2026年6月）から入りました。

「医療法人は本事業の補助対象事業者となりません。ただし、歯科医業を営む医療法人については、以下の要件を全て満たす場合は申請いただく事は可能です。」省力化投資補助金 一般型 FAQ Q57（第7〜9回）PDF p.5

「キ」の見出しは「歯科医業を営む医療法人」です。医科と歯科の両方を営む法人の扱いは原文で確かめられなかったので、該当する場合は事務局にご確認ください。第2回からの版の移り変わりは一般型の記事に表があります。

医療法人として申請するときの条文の違い

個人開業は「会社又は個人」の行で読みますが、医療法人は別の行で読みます。行が違うと、人数の線も、資本金の扱いも、出す書類も変わります。2つの制度の該当の条文を、医療法人と個人開業で横に並べました。

「また、資本金がない事業形態の場合は、資本金に該当する費目（例：「資産の総額」等）の金額を入力してください。」デジタル化・AI導入補助金 通常枠 FAQ Q30 PDF p.4

「株主および出資者が存在しない場合、「株主・出資者名」欄は「なし」、「株保有数・出資価格」欄は「０」と入力いただき」省力化投資補助金 一般型 FAQ Q159 PDF p.11

どちらも持分のない医療法人が迷いやすい入力欄です。雇用の助成金にも同じ種類の注があり、人数と出資の両方の線で判定するとされています。

「医療法人などで資本金・出資金を有している事業主についても、上記の表の「資本金の額・出資の総額」または「常時雇用する労働者の数」により判定します。」雇用関係助成金のご案内 簡略版 PDF p.2

同じ300人以下でも、法人の種類で要件の数が違います

一般型のエ〜キには、中小企業以外の法人の行が続きます。歯科の医療法人の要件を、並びの他の法人と比べると短さが分かります。

出典: 第9回 公募要領 PDF p.16。

読み取り: キには「収益事業の範囲内で」のような事業の絞りがありません。保険診療の設備は対象外という読みは、この行からは出てきません。診療報酬との関係は別の条文で決まっていて、保険診療と補助金の記事で並べています。

対象の制度と、医療法人に固有の一点

制度の金額や全体の条件は、早見表と各記事に任せます。ここでは医療法人の読者が見落としやすい一点だけを並べました。

対象外の制度：FAQ が正面から答えています

対象外の制度の公募要領の条文は個人と医療法人の違いの記事に並べました。ここでは「医療法人だと何ができないか」を場面で整理します。制度の側のFAQも、医療法人の問いに短く答えています。

「医療法人は対象外です。」新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 FAQ Q14

「医療法人が運営するクリニックや、社会福祉法人が運営する介護施設などは、事業者の要件を満たさないため申請できません。」同 FAQ Q70

「医療法人や社会福祉法人は、補助金の中小企業者の定義に該当しないため対象外となります。」中小企業成長加速化補助金 3次 FAQ Q29 PDF p.10

読み取り: Q70 は「法人の種類」と「事業（売上）の要件」の2段階で判断すると書いています。保険診療なら例外と読めるのは2段目の話で、医療法人は1段目で止まります。

20人の線：同じ投資で自己負担がどれだけ変わるか

一般型の補助率の2/3は、個人開業なら5人以下の小規模事業者の話ですが、医療法人は線が20人です。6〜20人の歯科の医療法人は、同じ人数の個人開業より補助率が高くなります。

「特定非営利活動法人、社会福祉法人及び医療法人は、従業員が20人以下の場合、補助率が2/3になります。」省力化投資補助金 一般型 第9回 公募要領 PDF p.15

対象経費を仮に税抜1,800万円として、公募要領の補助率と補助上限だけで計算しました。計算の練習で、この額の投資を勧めるものではありません。

消費税などは含めていません。特例の上限（大幅賃上げなど）は入れていません。補助率と上限は第9回 公募要領 PDF p.8・p.15のとおりです。

「補助対象経費の総額に補助率を乗じた額が補助上限額を上回る場合、補助上限額の範囲内で交付決定されます。」省力化投資補助金 一般型 FAQ PDF p.3

20人の法人が採用で21人になったら

公募要領の同じページには、小規模事業者の定義から外れたときの決まりがあります。採択の後でも、確定検査で労働者名簿を確かめて補助率を変える、という内容です。

「確定検査において労働者名簿等を確認しますので、補助事業実施期間終了までに定義からはずれた場合は補助率2/3から1/2へ計画変更となります。」第9回 公募要領 PDF p.15

読み取り: この文の主語は小規模企業者・小規模事業者で、医療法人の20人の線に同じ決まりが当たると明記はされていません。ただ同じ欄に続けて書かれているので、21人になる採用の予定があるなら、自己負担を1/2で計算しておくのが無難です。扱いは事務局にご確認ください。

人数の数え方も確かめてください。応募時の常勤従業員で、日々雇い入れられる者、2か月以内の期間を定めて使用される者、試用期間中の者などは入りません。一方で FAQ Q79 は、最低賃金の引上げの話では非常勤の従業員も条件によって対象に入ると答えています。補助率の人数と賃金の対象の人数は同じではありません。

分院があるとき：法人で数える制度と施設で数える制度

個人開業にはほとんど関係がなく、医療法人で効いてくる話です。開設者が1つでも、診療所は2つ3つとあります。制度ごとに「1」と数える単位が違います。厚生労働省の統計の17,395も施設の数で、法人の数ではありません（令和7(2025)年 概況 表3 PDF p.8）。

「同一の事業として、複数種類の設備を複数の事業場にそれぞれ導入するということであれば申請可能です。」省力化投資補助金 一般型 FAQ Q88 PDF p.7

「なお、法人が申請を行う場合、支社や支店・営業所単位からの個別申請は受け付けられません。」デジタル化・AI導入補助金 通常枠 FAQ Q15 PDF p.2

「補助事業を実施する事業場が複数ある場合、その中で最も事業場内最低賃金が低くなる事業場のものを用います。」省力化投資補助金 一般型 第9回 公募要領 PDF p.10

読み取り: 一般型で「本院と分院に別々の機器を入れる」形は Q88 で読めます。ただし「同一の事業として」が条件なので、分院ごとに別の目的の計画を束ねるものではないと読みました。同じ FAQ の Q145 は、実施場所が複数のときの年間稼働日数を「当該事業としての全体」で入れると答えています。計画は施設ごとでなく事業全体で書く形です。

これから開く分院は別の話です。一般型は実施場所の特定が要り、交付申請の時点で建設中の場合や土地のみの場合は対象外で、採択後の場所の変更も原則認められません。融資の条件はWAMの早見表をご覧ください。

理事長が別の法人を持つとき：みなし同一法人と支払先

医療法人の理事長が、別の医療法人や会社を持っている場合に関わる条文です。2つの制度で書き方が少し違います。

「上記に該当しない場合であっても、代表者が同じ法人についても同一法人とみなし」省力化投資補助金 一般型 第9回 公募要領 PDF p.17

「代表者及び住所が同じ法人、主要株主及び住所が同じ法人、実質的支配者が同じ法人の場合」デジタル化・AI導入補助金 通常枠 公募要領 PDF p.13

読み取り: 一般型は住所の条件がなく、同じ人が代表者なら別の場所の法人でも数えられる書き方です。理事長が同じ2つの医療法人、医療法人と理事長の会社は、ここに当たるかを先に確かめてください。FAQ Q63 は株式会社の議決権の読み替えを説明していますが、医療法人の議決権の数え方は書いていません。出資比率は事業計画書で確認するとあるので、持分のない法人は事務局への確認が要ります。

もう1つは支払先です。一般型は、身内の会社から機器を買っても補助の対象になりません。

「同一代表者・役員が含まれている事業者、みなし同一法人内の事業者（親会社・子会社間など）」省力化投資補助金 一般型 第9回 公募要領 PDF p.22 補助対象外の経費

「特別な利害関係を有する者（業務上密接な関係を有するコンサルタント、親族や従業員等」同 PDF p.23

理事が役員に入っている会社、理事長の親族の会社から購入する計画は、この欄で止まります。見積もりを取る前に発注先の役員と資本の関係を確かめてください。

医療法人の申請で個人と違う書類

「⑫ 歯科医業を営む医療法人の場合・診療所開設許可証・診療所開設届（副本もしくは写し）」省力化投資補助金 一般型 第9回 公募要領 PDF p.27

⑫は「歯科医業を営む」ことの確認の書類と読めますが、分院がある法人が全施設分を出すのか、実施場所の分だけでよいのかは書かれていません。分院があるときは早めに事務局へ確かめてください。

交付決定の一覧には、法人名・法人番号・所在地（市区町村まで）が公表されます。デジタル化・AI導入補助金の1〜4次の一覧を当サイトで数えると、名称に「医療法人」を含む行が通常枠で125、インボイス対応類型で165、そのうち名称に「歯科」を含むのは18と22でした（下限の値）。デジタル化・AI導入補助金の記事で集計の方法を説明しています。

理事は従業員に数えない：上限の行の決まり方

補助上限の行は従業員の数で決まります。医療法人の場合、理事長や理事は従業員に数えません。一般型の要領は「代表取締役や専従者等」を常勤従業員に当てはまらない者として挙げ、含まれていると採択取消等になることがあるとしています。デジタル化・AI導入補助金のFAQ Q2も「会社役員」は常時使用する従業員に該当しないとしています。勤務医の先生が理事を兼ねている法人は、理事を除いて数えます。

出典: 第9回 公募要領 PDF p.8・p.15。右の列は計算で、この額の投資を勧めるものではありません。

賃上げの要件は制度で逆になります

同じ「保険医療機関の医療法人」でも、デジタル化・AI導入補助金は賃上げの必須要件の適用外で、省力化一般型は基本要件がそのままかかります。一般型で要件に届かない場合の返還の決まりも、医療法人だけ別ということはありません。

目標は「全ての従業員又は従業員代表者、役員に対して表明」とされ（一般型 PDF p.10）、役員も表明の相手です。理事長の報酬を1人当たり給与支給総額にどう数えるかは、要領の定義の「対象となる従業員」と「算定対象となる給与等」で確かめてください。

個人から法人にした医院の注意

個人開業から医療法人にした直後は、過去の補助金の扱いと決算の期数に注意が要ります。

• 個人のときに交付決定を受けていると、その人が設立した法人は、みなし同一法人として同じ扱いです。今回の申請への影響を先に確かめてください。デジタル化・AI導入補助金の FAQ Q51 は、個人事業主が法人化した場合の対応をコールセンターへの相談としています。
• 一般型に個人で応募した後に医療法人にする場合は、事前に中小企業基盤整備機構の承認が要ります（FAQ Q36）。承認なしに進めると返還や不交付になる場合があります。
• 交付決定の前に法人成りをして、交付申請の権利を別の人格に移すことは認められていません（一般型 PDF p.37）。
• 個人のときに候補だった事業承継・M&A補助金の専門家活用枠は、医療法人になると対象外です。
• 法人になった後の最初の決算を迎えるまでは、決算の実績を確認する制度で止まる可能性があります。一般型のFAQ Q149は直近1期分以上の決算を迎えていない場合は申請できないと答えています。個人の期間の決算を引き継げるかは確かめられなかったので、事務局にご確認ください。

WAMの医療貸付：医療法人だけの資金

融資の中で医療法人に固有なのは、持分なし医療法人へ移行する際の資金です。古くからの持分のある医療法人の方に関係します。

「お申込みに当たっては、持分なし医療法人への移行計画について、事前に厚生労働省から認定を受けている必要があります。」2026年度 医療貸付事業 融資のごあんない PDF p.22

償還期間はPDFとWebで違っていて、理由は確かめられませんでした。借入の前に機構へご確認ください。診療所のご融資の種類には、歯科診療所の新設の条件も書かれています。

確かめられなかったこと

• 公庫の新規開業・スタートアップ支援資金を医療法人が使えるか。公庫の案内は「個人・法人は問いません」と書いていますが、医療法人の語はありません。
• 省力化一般型の歯科の医療法人の採択の状況（第7回の発表は2026年11月中旬の予定）。発表の後に確かめてこの記事を更新します。
• 医科と歯科の両方を営む医療法人が「キ」に入るか。
• 分院がある法人の提出書類⑫の範囲。
• 全都道府県の独自の補助（確認したのは東京・埼玉・千葉・栃木・広島の公式ページ）。

医療法人の歯科が使える制度の一覧と医療法人の診断で、やりたいこと別に確かめられます。